日本防卫省11日也发布消息称，10日下午，经日本海上自卫队P-3C反潜巡逻机确认，有一艘不明国籍潜艇在宫古岛东北偏东方向的“日本专属经济区”内潜航。该潜艇于11日上午离开“日本专属经济区”后，进入钓鱼岛赤尾屿东北方向的毗连区内。与此同时，11日上午在赤尾屿东北方向的毗连区内，日海自护卫舰还确认到有一艘中国海军护卫舰航行。日本外务省称，日方在钓鱼岛12海里外侧毗连区内确认到有中国海军舰艇及不明国籍潜艇航行。日方舰艇在现场对中方军舰发出了“警告”，要求驶离相关海域。日方已经通过外交渠道向中方提出了抗议。日本外务省还透露，日本外务事务次官衫山晋辅已紧急召见中国驻日大使程永华，向中方提出抗议。安倍后向日本相关省厅下达3点指示：
1)为防止不测事态发生，要求相关省厅密切合作联合应对;
2)与美国等相关国家取得联系，密切合作应对;
3)尽全力保持高度警戒监视。
值得一提的是，按照日本媒体的说法，中国海警船编队进入钓鱼岛12海里以及周边海域巡航已经成为常态。仅2017年一年，中国海警船编队进入钓鱼岛12海里航行的次数将近30次。但中国海军舰艇与潜艇共同进入钓鱼岛12海里毗连区等事态实属罕见。《日本经济新闻》称，此次中国军舰进入钓鱼岛毗连区内航行，是继2016年6月后的第2次。2016年6月9日凌晨，中国海军的一艘护卫舰驶钓鱼岛附近海域，并与日本海上自卫队军舰进行了对峙。日方曾向中方提出“严重抗议”，并要求中方避免此类事件再次发生，强调日方不接受中方有关钓鱼岛主权的主张。日本外务省事务次官斋木昭隆还曾召见中国驻日大使程永华，就中国海军在钓鱼岛附近海域航行提出抗议。程永华反驳指出，中国军舰驶入毗连区是正当的。中国国防部新闻局随后就海军军舰出现在钓鱼岛附近海域做出回应，钓鱼岛及其附属岛屿是中国固有领土，中国军舰在本国管辖海域航行合理合法，他国无权说三道四。
