1.文件管理混乱。你常常搞不清哪些文件需要编辑和更新，哪些无用的文件可以删除，哪些是相关联的文件，影响工作效率。
2.上传速度慢。服务器一般都会为根目录建立一个文件索引。当您将所有文件都放在根目录下，那么即使你只上传更新一个文件，服务器也需要将所有文件再检索一遍，建立新的索引文件。很明显，文件量越大，等待的时间也将越长。所以，给您的建议是：尽可能减少根目录的文件存放数。按栏目内容建立子目录。
子目录的建立，首先按主菜单栏目建立。例如：网页教程类站点可以根据技术类别分别建立相应的目录，象Flash，Dhtml，Javascript等;企业站点可以按公司简介，产品介绍，价格，在线定单，反锁联系等建立相应目录。
其他的次要栏目，类似what'snew，友情连接内容较多，需要经常更新的可以建立独立的子目录。而一些相关性强，不需要经常更新的栏目，例如：关于本站，关于站长，站点经历等可以合并放在一个统一目录下。
所有程序一般都存放在特定目录。例如：CGI程序放在cgi-bin目录。便于维护管理。所有需要下载的内容也最好放在一个目录下.在每个主目录下都建立独立的images目录。
默认的，一个站点根目录下都有一个images目录。刚开始学习主页制作时，习惯将所有图片都存放在这个目录里。可是后来发现很不方便，当我需要将某个主栏目打包供网友下载，或者将某个栏目删除时，图片的管理相当麻烦。经过实践发现：为每个主栏目建立一个独立的images目录是最方便管理的。而根目录下的images目录只是用来放首页和一些次要栏目的图片。。目录的层次不要太深。
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